Ростовский-на-Дону противочумный институт был образован в результате реорганизации Ростовского городского бактериологического института и Ростовской Краевой противочумной станции в 1934 году. В трудные годы Великой Отечественной войны институт внес большой вклад в ликвидацию обширных эпидемических вспышек туляремии и холеры в Ростовской, Сталинградской (в настоящее время Волгоградская) и Астраханской областях. Мировым достижением является создание на базе института и внедрение в практику живой туляремийной вакцины. Специалистами института была предложена идея создания и сформулированы основные задачи специализированных мобильных противоэпидемических бригад (СПЭБ), которые используются в повседневной практической деятельности всех учреждений противочумной системы. В 1971 году институт получил статус головного по проблеме «Холера». Специалистами института было проведено районирование Российской Федерации по типам эпидемических проявлений холеры, а  разработка отечественного препарата «Глюкосолан» для оральной регидратационной терапии холеры была признана крупным достижением медицины XX столетия.

Специалисты Ростовского-на-Дону противочумного института принимали активное участие в ликвидации вспышек чумы и холеры в Китае, Монголии, Пакистане, Афганистане, Вьетнаме, Сомали, Индии, в поддержании санитарно-эпидемиологического благополучия и биологической безопасности населения в новых субьектах Российской Федерации.

7-8 ноября 2024 г. в Ростове-на-Дону состоялась  Всероссийская научно-практическая конференция с международным участием «Актуальные вопросы эпидемиологии, микробиологии, диагностики и профилактики холеры и других инфекционных болезней», посвященная 90-летию ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт.

В работе Конференции приняли участие около 400 специалистов научно-исследовательских организаций Роспотребнадзора, Управлений Роспотребнадзора по субъектам РФ, Центров гигиены и эпидемиологии в субъектах РФ из 89 регионов Российской Федерации ( в том числе из Вологодской области), Республики Беларусь, Республики Таджикистан. Было заслушано более 50 докладов по вопросам выявления, предотвращения, реагирования, прогнозирования биологических угроз. Отдельное внимание уделялось международному сотрудничеству в области биологической безопасности, использованию методов геномного анализа в эпидемиологии инфекционных заболеваний, опыту работы СПЭБ при ликвидации последствий чрезвычайных ситуаций эпидемиологического характера, проблемам антибиотикорезистентности.