Коклюш - это опасное инфекционное заболевание. Возбудителем  является бактерия Bordetella pertussis. Передается инфекция  воздушно-капельным путем – при чихании или кашле; попадая в организм, оседает на слизистой дыхательных путей, где начинает размножаться. При этом  выделяет специфический эндотоксин, воздействующий на рецепторы, отвечающие за кашлевой рефлекс. За счет постоянного раздражения в центральной нервной системе формируется патологический очаг возбуждения, в результате чего кашель может быть спровоцирован любым фактором – болью, громким шумом и даже простым прикосновением.

В течении коклюша различают 4 периода: инкубационный (7-21 день), продромальный (10-14 дней), спазматический (4,5 недели) и период обратного развития (1-2 недели).
Источником инфекции являются больные (дети и взрослые). Вероятность заражения при контакте составляет 90%. Риск инфицирования окружающих особенно велик в начале спазматического периода, далее снижается и, как правило, к 25-му дню больной становится незаразным.
Врожденный иммунитет, обусловленный материнскими антителами, не развивается.

После перенесенного заболевания остается пожизненный иммунитет. В то же время поствакцинальный иммунитет не предохраняет от заболевания. Коклюш в этих случаях протекает в виде легких и стертых форм инфекции,
Трудности диагностики на ранних стадиях заболевания обусловлены сходством симптомов и синдромов с другими заболеваниями дыхательной системы вирусной или бактериальной инфекции. Сходство клинических симптомов затрудняет порой дифференциальную диагностику, выявление и учет.

 Отсутствие диагностики бактериологическими методами у длительно кашляющих (более 3—7 дней) приводит к низкому проценту высеваемости возбудителя у детей на поздних сроках обследования, а также после продолжительного лечения антибактериальными препаратами. Бактериологическое подтверждение диагноза коклюша по отдельным регионам России составляет всего от 10 до 36 %.
Согласно методическим документам современными и эффективными методами диагностики являются ПЦР и ИФА, позволяющими выявить ДНК возбудителя и антитела классов A, М, G

Источники: Медицинская микробиология, Алешукина А.В., учебное пособие.