С начала 1930-х годов в ряде мест Дальнего Востока врачи обнаруживали тяжелые острые заболевания, часто заканчивавшиеся смертью больных, так как поражалась центральная нервная система. Болезнь была совершенно не изучена и классифицировалась местными врачами как "токсический грипп".

В 1935 г. врач А.Г. Панов, работавший на Дальнем Востоке, впервые установил, что эта болезнь - энцефалит; он считал ее уже известным в то время японским энцефалитом.

В 1936 г. врачи дальневосточной Пастеровской станции, вводя мышам в мозг эмульсию мозга погибших от энцефалита людей, пытались выделить возбудителя, однако попытка не привела к успеху. Стало ясно, что местные врачи не в силах справиться с этой болезнью и необходима помощь.

В 1937 г. в леса Дальнего Востока была направлена экспедиция под руководством профессора Льва Александровича Зильбера. В ходе экспедиции было установлено, что переносчиком возбудителя являются клещи и что вирус относится к энцефалитам. Новое заболевание было названо весенний (весенне-летний) эпидемический энцефалит или клещевой энцефалит.

Фундаментальные открытия, объясняющие, как появился клещевой энцефалит, что является причиной заражения, какова клиника, патологическая анатомия и гистология заболевания, были произведены членами экспедиции в удивительно краткие сроки – всего за три летних месяца!

Эта ситуация побудила профессора Зильбера и вирусолога Чумакова  пересмотреть ранее существовавшие виды борьбы с заболеванием и максимально сосредоточиться на возможностях противоклещевой профилактики.

Для изучения путей циркуляции вируса, его резервуаров в природном очаге и разработки инактивированной вакцины против клещевого энцефалита в 1938 г. была организована вторая экспедиция под руководством академика Е.Н. Павловского.

Первые случаи вакцинации населения были проведены в 1939 г. в ходе третьей экспедиции по изучению клещевого энцефалита. Так же в этот период были открыты очаги клещевого энцефалита вне Дальнего Востока – на Урале и в Приуралье.

В 1940 г. проведена массовая иммунизация населения, были привиты первые 10 тысяч местных жителей. В последующие десятилетия вирус активно изучался и появлялись новые вариации вакцин.

На сегодняшний день вакцинация является основной мерой профилактики клещевого энцефалита. Вакцинация показана жителям эндемичных по клещевому энцефалиту территорий. В случае присасывания клеща делают инъекцию иммуноглобулина в качестве экстренного варианта профилактики и лечения.