Требования к содержанию и эксплуатации водозаборных сооружений направлены на снижение вероятности загрязнения источников вредными химическими и органическими веществами.
Выбор места расположения водозаборных сооружений нецентрализованного водоснабжения имеет приоритетное значение в деле сохранения постоянства качества питьевой воды, предотвращения ее бактериального или химического загрязнения, предупреждения заболеваемости населения инфекциями, передающимися водным путем, а также профилактики возможных интоксикаций.

Выбор места расположения водозаборных сооружений осуществляется их владельцем с привлечением соответствующих специалистов и проводится на основании геологических и гидрогеологических данных, а также результатов санитарного обследования близлежащей территории.
Геологические и гидрологические данные должны быть представлены в объеме, необходимом для решения следующих вопросов: глубина залегания грунтовых вод, направление потока грунтовых вод в плане населенного пункта, ориентировочная мощность водоносного пласта, возможность взаимодействия с существующими или проектируемыми водозаборами на соседних участках, а также с поверхностными водами (пруд, болото, ручей, водохранилище, река).

Данные санитарного обследования должны содержать информацию о санитарном состоянии места расположения проектируемого водозаборного сооружения и прилегающей территории с указанием существующих или возможных источников микробного или химического загрязнения воды.
Водозаборные сооружения нецентрализованного водоснабжения не должны устраиваться на участках, затапливаемых паводковыми водами, в заболоченных местах.

По своему составу и свойствам вода нецентрализованного водоснабжения должна соответствовать нормативам СанПиН 2.1.4.1175-02 «Гигиенические требования к качеству воды нецентрализованного водоснабжения».

Источник должен быть оборудован водоподъемным механизмом. Осуществлять водозабор из общественного колодца или каптированного родника ведром, ковшом и иной емкостью, принесенной с собой, не разрешается. Пить из бадьи и зачерпывать из нее воду при помощи посуды так же запрещено.

Водозаборное сооружения следует защитить от замерзания, используя следующие материалы: солому, стружку, опилки. Необходимо оберегать колодец от попадания в воду теплоизоляционных материалов. Нельзя использовать в качестве теплоизолятора стекловату и другие синтетические материалы. Перечень разрешенных для применения в обслуживании систем хозяйственно-питьевого водоснабжения материалов утвержден Минздравом России.

Очистку источника водоснабжение следует проводить один раз в год или чаще, если этого потребуют специалисты центра государственного санитарно-эпидемиологического надзора после обследования водозаборного сооружения, или после каждого текущего ремонта. По окончании процедуры очистки источника следует выполнить процедуру дезинфекции антисептическими реагентами с содержанием хлора и промывку.

В случае неисправимого ухудшения качества воды, снижения дебита, износе оборудования (заиливание фильтров, коррозия труб, разрушения стенок сруба), приведшим к невозможности использования воды из источника для бытовых целей, водозаборное сооружения подлежит ликвидации.
С целью обеспечения постоянства качества воды, безопасности и приемлемости водоснабжения населения контроль должен включать в себя систематическое санитарное обследование не только источника водоснабжения, оборудования и устройств, но и территории, прилегающей к водозаборным сооружениям.

 Если при контроле качества воды в скважине, колодце, каптаже отмечено превышение микробиологических и (или) химических показателей по сравнению с нормативами, следует выполнить повторный отбор проб воды и провести дополнительные исследования в объеме микробиологических и (или) химических показателей, по которым отмечено превышение норматива. Стойкое ухудшение качества воды по микробиологическим и (или) химическим показателям в ряде повторно отобранных проб требует установления его причины и устранения.

Мероприятия по устранению ухудшения качества воды включают в себя чистку, промывку и при необходимости профилактическую дезинфекцию с последующим составлением акта выполненных работ.
Если не удалось выявить или ликвидировать причину ухудшения качества воды, или мероприятия по устранению ухудшения качества воды не привели к стойкому улучшению ее качества по микробиологическим показателям, вода в колодце (каптаже) должна постоянно обеззараживаться хлорсодержащими препаратами.
При стойком химическом загрязнении воды следует принимать решение о ликвидации водозаборного сооружения или устройства.